Samtools sort 用法:SAM文件与Samtools
SAM文件与Samtools
![[samtools]sort命令简介原创](https://i0.wp.com/api.multiavatar.com/%5Bsamtools%5Dsort%E5%91%BD%E4%BB%A4%E7%AE%80%E4%BB%8B%E5%8E%9F%E5%88%9B.png?apikey=viVnb6N20jclO8)
[samtools]sort命令简介原创
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samtools sort命令的功能描述:. 对bam文件进行排序,不能对sam文件进行排序。以leftmost coordinates的方式对比对结果进行排序,或者使用-n参数 ...
![SAMtools——bam文件排序](https://i0.wp.com/api.multiavatar.com/SAMtools%E2%80%94%E2%80%94bam%E6%96%87%E4%BB%B6%E6%8E%92%E5%BA%8F.png?apikey=viVnb6N20jclO8)
SAMtools——bam文件排序
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默认是按序列在fasta文件中的顺序(即header)和序列从左往右的位点排序。 $ samtools sort -@8 LPF1_R1_MP.bam -o LPF1_R1_MP.sort.bam # 查看bam文件$ ...
![转录组分析](https://i0.wp.com/api.multiavatar.com/%E8%BD%AC%E5%BD%95%E7%BB%84%E5%88%86%E6%9E%90%7C+%E4%BD%BF%E7%94%A8SAMtools%E5%B0%86SAM%E6%96%87%E4%BB%B6%E8%BD%AC%E6%8D%A2%E4%B8%BABAM%E6%96%87%E4%BB%B6%E3%80%81%E6%8E%92%E5%BA%8F.png?apikey=viVnb6N20jclO8)
转录组分析
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samtools view主要用来转换SAM/BAM/CRAM文件。将sam文件与bam文件互换;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(sort)和提取(这些操作 ...
![4 -t CB](https://i0.wp.com/api.multiavatar.com/4+-t+CB+-O+BAM+-o+%24new+%24idsamtools%E6%8E%92%E5%BA%8F%E5%8E%9F%E7%90%86%E8%BF%87%E7%A8%8B.png?apikey=viVnb6N20jclO8)
4 -t CB
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samtools sort 是samtools工具集中的一个命令,用于将SAM/BAM文件进行排序,以提高数据的处理效率和准确性。它可以根据测序reads的名称、位置、标签等属性 ...
![samtools sort & index](https://i0.wp.com/api.multiavatar.com/samtools+sort+%26amp%3B+index+-+%E5%B0%98%E4%B8%96%E4%B8%AD%E4%B8%80%E4%B8%AA%E8%BF%B7%E9%80%94%E5%B0%8F%E4%B9%A6%E5%83%AE.png?apikey=viVnb6N20jclO8)
samtools sort & index
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整理高通量测序中使用的软件。 比对软件产生的序列通常是随机的。然而,比对后的分析步骤通常要求sam/bam文件被进一步处理,例如在IGV查看比对结果时 ...
![samtools的基本用法](https://i0.wp.com/api.multiavatar.com/samtools%E7%9A%84%E5%9F%BA%E6%9C%AC%E7%94%A8%E6%B3%95-+%E9%9D%92%E8%90%8D%EF%BC%8C%E4%BD%A0%E5%A5%BD.png?apikey=viVnb6N20jclO8)
samtools的基本用法
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1.sam,bam的格式转换: 2.对bam文件进行排序3.对bam文件进行简单的统计4.筛选特定的区域5.对多个read重复mapping 到基因组上同一个区域时, ...
![samtools对bam文件进行排序](https://i0.wp.com/api.multiavatar.com/samtools%E5%AF%B9bam%E6%96%87%E4%BB%B6%E8%BF%9B%E8%A1%8C%E6%8E%92%E5%BA%8F-+%E5%B0%8F%E9%B2%A8%E9%B1%BC2018.png?apikey=viVnb6N20jclO8)
samtools对bam文件进行排序
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001、 按照默认方式排序,并输出bam samtools sort -o output.bam input.bam 002、 按照read name方式排序,并输出bam amtools sort -n -o output.bam ...
![转录组学习之samtools软件[学习笔记通俗易懂版]](https://i0.wp.com/api.multiavatar.com/%E8%BD%AC%E5%BD%95%E7%BB%84%E5%AD%A6%E4%B9%A0%E4%B9%8Bsamtools%E8%BD%AF%E4%BB%B6%5B%E5%AD%A6%E4%B9%A0%E7%AC%94%E8%AE%B0%E9%80%9A%E4%BF%97%E6%98%93%E6%87%82%E7%89%88%5D.png?apikey=viVnb6N20jclO8)
转录组学习之samtools软件[学习笔记通俗易懂版]
https://zhuanlan.zhihu.com
samtools工具可以将.sam转换为.bam格式文件,便于基因组学、转录组学、表观基因组学等领域的研究。 (先排序后转换格式效率更高)。 详细参数以及用法可以 ...
![samtools常用命令详解](https://i0.wp.com/api.multiavatar.com/samtools%E5%B8%B8%E7%94%A8%E5%91%BD%E4%BB%A4%E8%AF%A6%E8%A7%A3+-+%E9%99%88%E8%BF%9E%E7%A6%8F%E7%9A%84%E5%AF%BC%E8%88%AA.png?apikey=viVnb6N20jclO8)
samtools常用命令详解
http://www.chenlianfu.com
Usage: samtools sort [-n] [-m <maxMem>] <in. ... -n 设定排序方式按short reads的ID排序。默认下是按序列在 ... 用法和最简单的例子如下. Usage: samtools ...